最適なプロトコルが専用試薬ごとに設計され、あらかじめインストールされています。お客様が第一抗体ごとにさらに最適化（反応温度、反応時間など）することも可能です。なお、専用試薬以外の試薬（第一抗体等）も使用できます。１回の運転で1~36枚染色できます。各スライドに対し同一プロトコルを適用することも、全てに異なるプロトコルを適用することも可能です。

ヒストステイナー ATシステムは、アジテーション機能を搭載しています。この攪拌機能によって試薬伸展の均一化、試薬反応性の向上、洗浄効果の向上、洗浄液量および廃液量の少量化が可能となりました。

試薬管理には、ICタグを採用しています。ICタグには、試薬名、製造番号、使用期限等の情報が保存されます。
本機器内蔵のRFIDリーダーは、ICタグを読み込み、識別することによって、計画した染色プロトコルを完了するのに十分な試薬テスト数が残っているか、自動的に判断します。

スライド管理には、2次元コードラベルを採用しています。ヒストステイナー ATのソフトウェアは、2次元コードラベルを簡便に作成、印刷することができます。
本機器内蔵の2次元コードリーダーは、スライドに貼付けられた2次元コードラベルを読み込み、識別することにより、予めプログラミングされた染色プログラムを実施します。

終了日時を指定し染色を開始できます。夜間染色や、休日中に染色が可能です。

ヒストステイナー ATシステムでは、染色工程のスケジュールを確認できるガントチャート作成機能、染色後に、使用した試薬情報や各スライド情報などを呼び出して確認するレポート作成機能があります。